François-Henri Houbart war Schüler von u. a. Michel Chapuis und Pierre Cochereau. Nach dem Organistenamt an der Kirche St-Paterne seiner Geburtstagsstadt Orléans (ab 1968) wurde er 1974 Assistent an St-Séverin, dann Co-Titular an St-Nicolas-des-Champs und ab 1979 Titulaire in La Madeleine. Als Pädagoge unterrichtete er u. a. am Conservatoire national de région de Rueil-Malmaison, neben Marie-Claire Alain. Bis heute hat Houbart mehr als 70 Aufnahmen veröffentlicht.